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Conférence "Combinatoire et Génome", par Mireille RÉGNIER (INRIA Rocquencourt)

  • Le 08 février 2007
    Faculté des Sciences - NANTES - Bâtiment 11 - Salle 3 (rez-de-chaussée)

OUEST-genopole vous invite à la conférence : "Combinatoire et Génome" par Mireille RÉGNIER (INRIA Rocquencourt)

Lors de toute étude biologique, il est indispensable de pouvoir vérifier la cohérence des résultats obtenus par une méthode informatique. Ces vérifications sont réalisées la plupart du temps par le biais de tests (d'hypothèse) statistiques (chi-2, Pearson, Odd Ratios, etc.). La mise au point de tels tests en bio-informatique nécessitent des modélisations probabilistes fidèles aux données biologiques (chaînes de Markov, chaînes de Markov cachées...) et une étude précise des paramètres en question dans ces modèles (obtention de Z-scores, p-values...).

 

Notre exposé s'articulera autour de trois grandes applications :

1. Logiciels statistiques et recherche de motifs : en présentant la cis-régulation, la recherche de répétitions en tandems et la N_myristilation

2. Les réarrangements chromosomiques

    a. Modélisation par un graphe et 2-approximation du pb NP-complet sur les gènes

    b. Une vue des résultats récents sur les réarrangements intra-chromosomiques

3. Structures secondaires:

    a. La minimisation d'énergie avec le gain récent (RECOMB06) de Y. Wexler

    b. La méthode comparative; P-DCFold